El Consejo de Administración actúa como representante de la Asamblea General cuando esta no está reunida. Está compuesto por cinco personas de acuerdo con la siguiente distribución de grupos de interés:
- Un representante de las organizaciones misioneras.
- Un representante de las congregaciones germano-menonitas.
- Un representante de los administradores de las Colonias Menonitas del Chaco Central.
- Un representante de los socios que hablan Enlhet (incluyendo a los Toba y Sanapaná)
- Un representante de los socios que hablan Nivaclé.
La selección de representantes de cada grupo de interés en el Consejo de Administración se realiza en reuniones separadas por cada grupo. Al inicio de cada año, el Consejo de Administración elige de entre sus miembros a un presidente de la ASCIM, un vicepresidente y un secretario. El presidente del Consejo también es presidente de la ASCIM. El Consejo de Administración puede operar legalmente con la presencia de al menos tres de sus cinco miembros, y las decisiones se toman por mayoría de votos de los presentes.
Entre las responsabilidades y funciones del Consejo de Administración se encuentran:
- Velar por el cumplimiento de estatutos, reglamentos internos y resoluciones de las asambleas y del propio Consejo.
- Convocar asambleas ordinarias y extraordinarias.
- Establecer y disolver subcomisiones para tareas específicas dentro del programa de la ASCIM y designar sus integrantes.
- Otorgar mandatos, designar representantes y apoderados.
- Aceptar donaciones, legados y subvenciones.
- Autorizar los gastos necesarios para el funcionamiento de la ASCIM.
- Habilitar a la presidencia para actuar como representante legal de la ASCIM.
- Nombrar a los gerentes de los departamentos: agropecuario, educativo, de salud y del departamento intercultural social-espiritual, quienes junto con el director y vicedirector conforman el Comité Ejecutivo de la ASCIM.
- Establecer salarios, definir responsabilidades y supervisar el desempeño efectivo de los colaboradores en sus funciones asignadas.
- Aprobar o rechazar solicitudes de ingreso o renuncia de socios, según las representaciones establecidas. En caso de desacuerdo entre los miembros, la decisión se someterá a resolución de la Asamblea. Para entidades o asociación que deseen ingresar como socios, deberán adjuntar a la solicitud escrita el acuerdo adoptado según lo establecido en su carta orgánica.