El Dpto. de Salud, en el marco del convenio de cooperación con las comunidades indígenas asociadas, ofrece los servicios de atención y asesoramiento a 16 comunidades.
En la comunidad indígena funciona por lo menos un puesto de salud propio (clínica) que alberga, en general, un consultorio, una sala de parto, una sala de internación, una oficina con un stock de medicamentos básicos, un depósito y un baño. La atención en la clínica ofrece personal contratado por la comunidad, en su mayoría capacitado previamente en cursos formales. Igualmente, también realizan actividades de prevención como, por ejemplo, las vacunaciones, controles de embarazo, etc.
Aprovechando este sistema interno de la comunidad, el Dpto. de Salud de la ASCIM ofrece el acompañamiento profesional en enfermería y en servicios médicos. Un supervisor( profesional en enfermería) visita regularmente el personal en las clínicas, asesorando a este y/o atendiendo pacientes. Intermedia también los servicios de la farmacia externa del Dpto. de Salud, proveyendo a pedido del encargado de la clínica los medicamentos e insumos requeridos.
Además, un médico y un odontólogo del Dpto. de Salud ofrecen consultorio una vez al mes en el Puesto de Salud, atendiendo a personas previamente seleccionadas por el encargado de la clínica.
Pacientes quienes requieren una atención médica urgente acceden por llamado del encargado de la clínica al servicio de ambulancia del Dpto. de Salud para su tratamiento en el Sanatorio ASCIM y/o por remisión de ese en otro establecimiento de salud.
ASCIM mantiene convenios de cooperación interinstitucional con los hospitales privados Concordia (Neu-Halbstadt), Filadelfia y Loma Plata y con el Hospital Materno Infantil Villa Choferes del Chaco. La comunicación se conserva también con el Hospital Distrital Teniente Irala Fernández y el Hospital Regional Mariscal Estigarribia, porque los pacientes sin cobertura AMH, después de recibir una primera atención, son trasladados para el tratamiento necesario en estos establecimientos.