ASCIM, als gemeinnützige Einrichtung, handelt offiziell durch zwei Gremien:

- Die Mitgliederversammlung, das Organ, durch das der allgemeine Wille bekundet wird, und
- der Verwaltungsrat, der die Mitgliederversammlung vertritt, wenn diese nicht tagt.

Für die Durchführung und Koordination ihrer Aktivitäten ist eine zentrale Verwaltung der anvertrauten Tätigkeiten der ASCIM erforderlich. Die zentrale Verwaltung hat die Hauptaufgabe, die Aktivitäten in den Bereichen Landwirtschaft, Erziehung, Gesundheit sowie in der interkulturell-sozial-geistlichen Abteilung zu koordinieren. Sie ist auch verantwortlich für das Finanzmanagement, die interinstitutionellen Beziehungen und die Suche und Anstellung von Arbeitskräften.

Der rechtliche Sitz der ASCIM befindet sich im Zentrum von Yalve Sanga, gelegen im Departement Boquerón.