Es gehört zur Verantwortung der Zentralverwaltung der ASCIM, die geplanten Aktivitäten mittels eines korrekten Einsatzes der Arbeitskräfte und der zur Verfügung stehenden Finanzmittel durchzuführen. 
Der Haushalt der ASCIM finanziert sich hauptsächlich aus zwei Quellen: durch Beiträge der Stiftung Drei Kolonien und durch eigene Einnahmen mittels selbsttragender Programme:

Die Stiftung „Drei Kolonien“ ist eine Stiftung der Kolonien Chortitzer, Neuland, Fernheim und der deutsch-sprechenden Kirchengemeinden. Diese Institutionen überweisen die auf der ordentlichen Mitgliederversammlung festgelegten Beiträge an die Stiftung Drei Kolonien und diese leitet sie an die ASCIM weiter. Damit ist die Stiftung, mit einem Gesamtbeitrag von Gs 12.695.197.700- im Jahr 2021 der Hauptsponsor der ASCIM-Arbeit.

Selbsttragende Programme (eigene Einnahmen):
a) Das Krankenhaus der ASCIM in Yalve Sanga kassiert reduzierte Tarife für die Dienstleistungen der Gesundheitsabteilung. Die Mehrheit der mit der ASCIM kooperierenden Indigenen Gemeinschaften verfügen über die Abdeckung der Dienste mittels der mutualen Krankenkasse AMH, die per Gesetz Nº 3050/06 reguliert wird.
b) Die ASCIM führt 2 Bildungseinrichtungen, das Indigene Bildungszentrum Yalve Sanga CEIYS (Centro Educativo Indígena Yalve Sanga) und die Landwirtschaftsschule La Huerta. Die Schüler zahlen einen Schulbeitrag, der etwa 10% der realen Kosten der Einrichtungen und des Studentenresidenz abdecken.
c) Die Landwirtschaftsschule La Huerta hat eine eigene Landwirtschafts- und Viehzuchtproduktion. Diese ermöglicht den Schülern die praktische Anwendung der erlernten Kenntnisse und gleichzeitig deckt die Produktion die Mehrheit der Kosten der Bildungseinrichtung.

Andere Einnahmequellen sind:

• Mitgliedsbeiträge, die jährlich auf der Generalversammlung festgelegt werden.
• Schenkungen von Privatpersonen und Unternehmen
• Schenkungen von internationalen Organisationen
• Finanzierung spezifischer Projekte durch nationale und internationale Organisationen

Das Abrechnungsjahr der ASCIM läuft vom 1. Januar bis zum 31. Dezember jeden Jahres. Zum Ende des Abrechnungsjahres wird ein Finanzbericht über das verflossene Jahr erarbeitet und ein Kostenvoranschlag für das kommende Jahr, um beides zur Annahme der Mitgliederversammlung vorzulegen.

Rechnungsprüfungskomission
Die Buchhaltung der ASCIM wird regelmäßig von der im Statut gegründeten Revisionskommission kontrolliert. Diese Kommission setzt sich aus 5 Personen zusammen, die jährlich nach folgendem Modus ernannt werden:

• Ein Vertreter der Enhlet-Volksgruppe (dieser vertritt auch die Volksgruppen Sanapaná und Toba, da sie zu derselben Sprachgruppe gehören: Maskoy)
• Ein Vertreter der Nivacle-Volksgruppe
• Jeweils ein Vertreter aus den drei Chacokolonien (Chortitzer, Fernheim und Neuland)

Die Rechnungsprüfungskomission hat folgende Befugnisse und Aufgaben:

• Das Überprüfen der Buchführung und Dokumente der ASCM am Ende jedes Abrechnungsjahres
• Das Überwachen der Verwaltung, des Kassenstandes und des Bestands von Rechts- und Wertpapieren jeder Art
• Die Beglaubigung, dass die Erhebung der Beiträge und die Zahlung der Ausgaben in Übereinstimmung mit dem Statut und den Beschlüssen des Verwaltungsrates gemacht werden
• Die Ermittlung und die Weiterleitung von jeglichen Unregelmäßigkeiten, die auftauchen könnten, an den Verwaltungsrat